这部法律草案曾于2005年12月24日首次提交审议。此后，全国人大常委会于2006年3月20日将一审草案向社会全文公布并征求意见。截至既定日期2006年4月20日，通过网络、报刊、信件等各种渠道表达的意见多达19万余件，这在新中国立法史上实属罕见。
另据《财经》记者了解，一审后的这一年时间里，全国人大有关机构曾多次召开座谈会，并在北京、广东等六省市进行调研，听取各方意见，将原计划在2006年8月进行的二次审议推迟到当年年底。
公众的高度参与以及立法机关的谨慎态度，都充分表明这部法律的重要性——无论是劳动者还是老板，这部法律关乎每一个人的切身利益。
法律最应该保护谁？
是“平等保护用人单位和劳动者的合法权益”，还是“突出保护劳动者合法权益”？这个两难的问题构成了《劳动合同法（草案）》所有争论的基础。
《劳动合同法（草案）》一审稿表述的立法目的是：“保护劳动者的合法权益，促进劳动关系的和谐稳定。”二审稿调整为：“构建和发展和谐稳定的劳动关系，保护劳动者的合法权益。”表面上看起来仅是语序的变化，实际反映的是立法机关为了回应各种不同意见所采取的中庸之道。全国人大法工委一位官员对《财经》记者坦言，二审稿在修改时确实考虑到了用人单位的权益，并作出一定让步。不过，让步是有限度的。
据了解，在一审草案公布后，许多外资企业在华代表机构，如中国欧盟商会、北京和上海的美国商会，以及广州的外商投资商会，从自身利益出发，向立法机关提出建议。他们认为，如果实施过分强调保护劳动者权益的法律，会增加劳动成本，将对中国的投资环境造成消极的影响。
全国人大常委会也有许多委员认为，劳动合同法应该是规范劳动者和用工单位双方的行为，应该对双方的权益平等保障。所以，立法目的应该把保护劳动者的合法权益改为保护劳动者和用工单位的合法权益。
长期专门研究劳动与社会保障问题的全国人大常委会委员、中国人民大学教授郑功成认为，需要关注劳动者权益受损的情况，但是法律应该平等保护劳动者和用工单位的合法权益。
他同时指出，劳动合同法不能回避劳资双方是有利益分歧的，但目标应当是把双方之间的利益分歧通过法律的公正规范达到妥协、平衡，以实现劳资双方共赢。法律规定过于严格，将会损害另一方当事人的合法权益。他对《财经》记者强调，立法中只提保护劳动者的说法是需要再斟酌的。
不过，在中国人民大学劳动关系研究所所长、《劳动合同法（草案）》起草小组成员常凯教授看来，在劳动者和用人单位之间，劳动者是弱者。他告诉《财经》记者，劳动者权益得不到保障，是中国的现实问题。在劳动关系中，劳动者处于被动地位，权利经常受到侵害，法律应该是扶助弱者、抑制强者。如果这个法律是保护劳资双方的，那就违反了劳动立法的基本要求。
全国人大法工委副主任信春鹰在审议时也认为，法工委在调研过程中发现，中国目前劳动合同签约率低，有些行业如建筑业只有20左右；其次，低端劳动者的权利受侵犯，如拖欠工资，工伤没有人管等；第三，权利救济渠道不畅通，劳动者流动性很大，劳动关系不稳定；第四，工会维权的能力不强。这些现实决定了劳动合同法要保障劳动者的基本权利。
触及人事双轨制
据《财经》记者了解，此次二审的法律草案触及了中国当前两大体制难题——事业单位改革和养老保险问题。
草案第二条第二款规定：“除公务员和参照公务员法管理的工作人员外，国家机关、事业单位、社会团体与劳动者建立劳动关系的，其劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止，依照本法执行。”这意味着，事业单位实行聘用制的人员，也被纳入《劳动合同法》的适用范围。
事业单位人员实行聘用制度是中国事业单位改革的重要内容之一。据新华网报道，截至2006年底，全国51的事业单位实行了人员聘用制，59的人员签订了聘用合同，全国28个省区市的事业单位新进人员实行了公开招聘。
不过，中国目前仍然实行劳动和人事两条线管理模式。人事部对于聘用制合同人员的“进”、“管”、“出”等方面的规定，与《劳动合同法（草案）》有很大的区别。比如，在实行聘用制的事业单位，要按照国家编制机构下达的编制限额聘用人员，并比照公务员制度进行人事管理。辞职应按规定时日提出书面申请并予以批准后方准辞职。发生人事争议，首先由人事争议仲裁委员会受理。
因此，在审议中，有全国人大常委会委员提出《劳动合同法》不应该适用于纯事业单位的人员。
常凯教授指出，是否将事业单位聘用合同纳入《劳动合同法》的适用范围，一开始就存在争论，这其实涉及劳动和人事是否并轨的问题。实践表明，两条线的管理模式越来越不适应市场经济，并轨应该成为趋势。全国人大法工委行政法室主任李援对《财经》记者表示，事业单位改革仍然要按照国家统一部署进
